.
سید علی حسینی خامنهای فرزند مرحوم حجتالاسلاموالمسلمین حاج سیدجواد حسینی خامنهای، در فروردینماه سال 1318 شمسی برابر با 1358 قمری در مشهد مقدس چشم به جهان گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگی مرحوم سید جواد خامنهای هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینی، بسیار ساده: «پدرم روحانی معروفی بود، اما خیلی پارسا و گوشهگیر [...] زندگی ما بهسختی میگذشت. من یادم هست شبهایی اتفاق میافتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت برای ما شام تهیه میکرد. [...] آن شام هم نان و کشمش بود.»
خانهای که خانوادهی سید جواد در آن زندگی میکردند در یکی از محلههای فقیرنشین مشهد بود: «منزل پدری من که در آن متولد شدهام، تا چهار پنج سالگی من، یک خانهی 60 ـ 70 متری در محلهی فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیرزمین تاریک و خفهای! هنگامی که برای پدرم میهمان میآمد -و معمولاً پدر بنا بر این که روحانی و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت- همهی ما باید به زیرزمین میرفتیم تا مهمان برود. بعد عدهای که به پدر ارادتی داشتند، زمین کوچکی را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما دارای سه اتاق شدیم.»
سیدعلی خامنهای تحصیل را در چهار سالگی از مکتبخانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد. دورهی دبستان را در نخستین مدرسهی اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند. در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد. همزمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دورهی دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسهی سلیمانخان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسهی نواب رفت و دورهی سطح را در آن به پایان برد. همزمان با تحصیلات حوزوی دورهی دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد. ایشان معالمالاصول را نزد آیتالله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در سال 1334ش، در درس خارج فقه آیتالله سید محمدهادی میلانی حاضر شد.
ایشان در 1336ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف اشرف مشرف شدند و در دروس مدرسان بنام حوزهی علمیهی نجف، از جمله آیات سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت و به مدت یک سال دیگر در درس آیتالله میلانی حاضر شد. سپس در سال 1337ش به شوق ادامه تحصیل عازم حوزهی علمیهی قم شدند. در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیتالله محمدهادی میلانی به ایشان اجازهی روایت داده بود.
سید علی خامنهای، در قم نزد بزرگانی چون آیات حاجآقا حسین بروجردی، امام خمینی، حاج شیخمرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه طباطبایی تلمذ نمود. در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس میگذراند.
آیتالله خامنهای در 1343ش به دلیل عارضهی بینایی پدر و کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیتالله میلانی حضور یافت که تا سال 1349 ادامه داشت. او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت. در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به ویژه دانشجویان حضور پیدا میکردند. در جلسات تفسیر خود، مهمترین پایههای فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان مینمود و به تعمیق بنیانهای اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت میپرداخت به صورتی که شرکتکننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی میرسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد. یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود از سال 1347 درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال 1356 و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت. جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست جمهوری و پس از آن ادامه داشت.
ایشان از سال 1369ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص، مکاسب محرمه و صلاة مسافر پرداخته اند.
آیتالله خامنهای با حوزهی شعر و ادبیات مأنوس هستند و همواره به مطالعه رمان و داستان علاقمند بودهاند و بسیاری از رمانها و داستانهای معتبر دنیا را مطالعه کردهاند. این علاقه با مطالعه رمانها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد. حتی به نقد کتابهای ادبی و شعر هم میپردازند. با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود. در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمنهای ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل میشد شرکت میکرد. در انجمنهای ادبی به نقد شعر میپرداخت. خود نیز اشعاری سروده و در سالهای اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعهی کتب تاریخی بخش دیگری از برنامهی مطالعاتی دائمی ایشان است و به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند.